Mazury nejsou jen krajem „tisíce jezer”. Pro region jsou typické také smíšené lesy, močály a rašeliniště.  Tyto oblasti si uchovaly svůj přirozený charakter a proto jsou domovem velmi rozmanitého ptactva a rostlinstva. Byl zde zjištěn výskyt 262 ptačích druhů. Stejně bohatý a rozmanitý je rovněž zvířecí svět. Podíl na tom mají přírodní podmínky – rozlehlé lesy a voda a močály.
Aby nejkrásnější zákoutí Mazur zůstala i nadále nedotčená, vznikají zde rezervace, krajinné parky a přírodní památky. Ne všechny jsou turistům přístupné, pohyb je zde omezen (zákaz zapalování ohnišť a bivakování). Týká se to zejména přírodních rezervací zaměřených na ochranu fauny, kde by přílišný ruch mohl narušit klid zvířat.
Některé oblasti na území Giżyckého okresu byly zařazeny do Evropské ekologické sítě Natura 2000. Patří mezi ně: Ostoja Borecka (SAC), Jezioro Dobskie (SPA), Puszcza Borecka (SPA), Bagna Nietlickie (SPA).

      

     

Chráněná území Giżyckého okresu:

* Přírodní rezervace Borki, založena v roce 1958, rozloha 232,00 ha, polesí Borki. Součást lesního komplexu Puszcza Borecka. Různorodý reliéf. Nacházejí se zde smíšené habrové a lipové lesy, olšiny, lužní a smrkové lesy. Výskyt potápek, čápů černých, luňáků hnědých, orlů mořských, ostřížů, bekasín, orla říčního, sluk. Bohatá fauna, potkat zde můžete například zubra, rysa, losa, jelena, vlka, lišku, psíka mývalovitého a divokého vepře.
*  Přírodní rezervace Mazury, založena v roce 1981, rozloha 373 ha, součást lesního komplexu Puszcza Borecka. Krajinný charakter.
* Přírodní rezervace Lipowy Jar, založena v roce 1981, rozloha 48,50 ha, součást lesního komplexu Puszcza Borecka. Krajinný charakter.
* Přírodní rezervace Wyspa Lipowa, založena v roce 1975, ostrov porostlý vysokokmenným lipovým lesem s příměsí dubu.
* Přírodní rezervace Spytkowo-Torfowisko, založena v roce 1958, rozloha 2,10 ha, Spytkowo/Giżycko. Floristický charakter, přechodné rašeliniště se stanovištěm vrby laponské.
* Přírodní rezervace jezera Kożuchy, založena v roce 1953, rozloha 28,16 ha, Kożuchy/Giżycko. Ornitologický charakter. Jedna z největších kolonií racka chechtavého v Polsku, výskyt motáka pochopa, luňáka hnědého, labutě velké a moudivláčka.
* Přírodní rezervace Perkuny, založena v roce 1954, rozloha. 3,50 ha, Perkunowo/Giżycko. Floristický charakter. Horská a přechodná rašeliniště s rosnatkou okrouhlolistou, ostřicí bažinnou, šichou černou apod.
* Přírodní rezervace na ostrovech jezer Mamry a Kisajno, založena v roce 1957, rozloha 215,35 ha. Ornitologický charakter. Zahrnuje 18 ostrovů na vodní cestě Velkými mazurskými jezery pokrytých lesním porostem. Oblast líhnutí řady druhů vodních, bažinných a dravých ptáků.
* Přírodní rezervace na jezeře Dobskie, založená v roce 1976, rozloha 1833,22 ha, Fuleda, Doba/Giżycko. Krajinný charakter. Ochrana dobře zachované glaciální krajiny s balvany na březích. Nachází se zde líhniště kormorána, volavky popelavé, chřástala, jeřába, racka stříbřitého a rybáka říčního. Rezervace neživé přírody Głazowisko Fuledzki Róg.
* Přírodní rezervace Bagna Nietlickie, rozloha 513 ha, obec Miłki. Ptačí oblast bažinných a vodních ptáků: největší místo houfování jeřábů v Polsku, líhniště např. bukače velkého, tetřeva obecného, chřástala kropenatého, chřástala polního, orla volavého, rybáka černého, rákosníka ostřicového.
* Přírodní rezervace Staświńskie Łąki, rozloha 647,50 ha, obec Wydminy. Floristický charakter. Výskyt metlice trstnaté, vrby popelavé, nachové, rozmarýnolisté a vrby pětimužné. Oblast výskytu tetřeva, se kterým se dnes setkáváme stále v nižším počtu. Díky hojnému počtu krásně kvetoucích rostlin patří dnes zdejší louky k nejefektnějším krajinným prvkům.